Biodiversidade Local
Verdejar
 
As partes centrais e leste da Serra da Misericórdia onde se situam os bairros do Engenho da Rainha, Inhaúma, Complexo do Alemão, Penha, Olaria, Ramos e Bonsucesso foram quase totalmente cobertas pela malha urbana, só restando pequenas áreas verdes em seu topo e na  Morro do Adeus em sua vertente leste que foi degradada por uma saibreira  extinguindo uma das nascentes do rio Joaquim de Queiroz, restando também as áreas verdes sobre o Morro do Alemão e Grota. Estas últimas áreas foram separadas, pelas mineradoras que atuam na região desde 1954 (pedreiras de Inhaúma), de uma grande área verde localizada entre os bairros Engenho da Rainha, Tomás Coelho e Vila Kosmos. 

A pedra da Penha, que abriga a igreja de N.S. da Penha, é uma formação rochosa características da serra da Misericórdia, que em sua maioria é composta pelo granito Utinga, referência na geologia carioca. Em estudos geológicos sobre a cidade do Rio de Janeiro a referência ao granito Utinga aparece como: “Tipo Serra da Misericórdia”. Devido a abundante presença dessa rocha o maciço atraiu muitas mineradoras. Essas formações rochosas e suas grutas ajudaram a proteger alguns animais que resistiram a todo tipo de agressões, sobrevivendo até hoje.   
A mineradora francesa La Farge (dona do cimento Mauá) explora esta grande área já foi  de exuberante natureza, área que ocupa parte de 4 bairros; Engenho da Rainha, Inhaúma, Olaria e Penha. A mineração destruiu belas formações rochosas, grutas e nascentes ( já debilitadas pelo desmatamento) afluentes do rio Timbó, e também nascentes principal (cabeceira) do rio Nunes, que movia o Engenho da Pedra e as Olarias.  

A área verde localizada entre os bairros Engenho da Rainha e Vila Kosmos pode servir como referência da fauna remanescente (animais que resistiram) e da força de regeneração da Mata Atlântica. 

Após mais de 300 anos de agricultura predatória, criação de gado e queimadas (que acontecem até hoje) seu solo está em avançado estado de degradação, em alguns pontos a camada de matéria orgânica é quase inexistente, ha lugares  queo solo pobre tem menos de 20 centímetros de espessura, em outros locais é pedra pura mesmo sendo um contraponto ao solo que os colonizadores encontraram, com aproximadamente mais de 1 metro de  terra fértil.  
Só mesmo com a força de regeneração da Mata Atlântica e auxílio humano nós podemos observar o passo a passo da mata para recuperar a sua biodiversidade. Quando o fogo dá trégua de pelo menos 3 anos espécies pioneiras com grande resistência nascem nesse solo formando semi-bosques e enfraquecendo o capim, que apodrece na sombra onde suas sementes têm dificuldade de germinar.         

Citamos algumas espécies pioneiras: Baleeira, Cambará, Embaúba, Ipês, Angicos, Jacarandás e o Maricá. Algumas destas espécies são leguminosas, estas têm o poder de agregar nitrogênio ao solo através da luz do sol, além de contribuir com sombreamento e lançamento de folhas e galhos, como as outras espécies. Onde logo a vida se multiplica com a atuação de pequenos animais e decompositores que vão transformando essa matéria orgânica (folhas e galhos) em nutrientes, adubando o solo. 

Não só as espécies arbóreas são pioneiras, a Mata Atlântica é composta por 4 extratos vegetais: gramíneo (capim), herbáceo (pequenas ervas), arbustivo (arbustos) e arbóreo (árvores). Com o passar dos anos e o solo mais nutrido outras espécies nascem contribuindo com o ciclo de regeneração da Mata Atlântica, que compreende 5 estágios até nascerem as chamadas espécies clímax, sito algumas: Jequitibá, Jatobá e etc.  

Atualmente nesta região a Mata Atlântica não se regenera com sua biodiversidade original, devido à introdução de espécies exóticas (originárias de outros biomas), que agem como pioneiras, com isso a Mata Atlântica precisa de séculos para se “purificar” correndo o risco de não se livras de algumas espécies, exemplo de especies exoticas: capim colonião (invasor e grande propagador de fogo) Aroeiras (Cinamomo), Jamelão, Xixá, Amendoeira, Mangueira e Jaqueira, esta última espécie pode ser citada como um tipo de praga (invasora) que desequilibra a biodiversidade deste bioma.   

Um dos benefícios da recuperação da mata Atlântica local seria a diminuição de até 3°C na temperatura e amenisa da poluição. Com uma maior biodiversidade também poderão diminuir a incidência de doenças infecto-contagiosas. O sapo e o morcego controlam o mosquito, o lagarto as moscas, e assim sucessivamente tornando o ecossistema equilibrado. 
Citamos alguns animais remanescentes na serra: 

• Hábitos noturnos: corujas, gambás, morcegos, sapos, rãs e pererecas.

• Hábitos diurnos: gaviões e outros pássaros, lagartos de até 1,5 m de comprimento, cobras não venenosas, camaleões, preás e caranguejos, além de aranhas, borboletas e uma grande diversidade de insetos.

Águas da Misericórdia.     

O potencial aqüífero da região ainda dá sinal de força, o Verdejar mapeou mais de 20 nascentes só na parte leste da serra da Misericórdia, nos trechos que vão de Tomás Coelho a Bonsucesso e deste a Penha, algumas destas são perenes (que nunca secam). Citamos alguns locais onde são encontradas: Nova Brasília, Morro do Adeus, Olaria, Vila Kosmos, Inhaúma (em baixo da E.M. Olavo Josino de Sales) e no Conjunto das Casinhas. Na Grota existem em forma de poços que a comunidade utiliza para fins domésticos. 

A Grota é um vale que em seu interior tem  divisor de águas formador duas micro-bacias, que são: a do rio Canitar, afluente do rio Timbó em Inhaúma e a do rio Joaquim de Queiroz, afluente do rio Faria Timbó em Bonsucesso. O joaquim de Queiros tem seu leito quase totalmente canalizado a céu fechado, seguindo pela rua de mesmo nome e sob as avenidas Itararé e Itaóca. O morro do Alemão é um divisor de águas, na vertente do vale (grota) cotribui com suas águas para o rio Joaquim de Queiroz e na vertente inversa contribui para o rio Ramos-Nunes. 

Os corpos hídricos misericordianos encontram a poluição dos esgotos domésticos já em suas partes alta e média e em suas parte baixa são lançados resíduos industriais e outros.

Espelho Cristalino.
Alceu Valença 
Esta rua sem céu e sem horizonte
Foi um rio de águas cristalinas
Serra verde molhada de neblina
Olho d’água sangrava numa fonte 
Meu anel cravejado de brilhantes
São os olhos do capitão Curisco
Que é a luz que alumia o meu ofício
Nesta selva de aço e de antenas
Beija flor to chorando suas penas
Derretidas na incensastes do asfalto...